Isabella Flores nacque a Lima da nobile famiglia decaduta di origine spagnola. Per la sua bellezza le fu attribuito l'appellativo di Rosa, cui la santa aggiunse quello "di Santa Maria", quasi ad esprimere il tenerissimo amore che sempre la vincolò alla Madre del cielo soprattutto sotto il titolo di Regina del Rosario, attenta ad ogni cenno della sua volontà, da lei invocava ogni grazia, e tramite lei ricevette ogni aiuto ed ogni segno di benevolenza divina, tra cui il più ambito: le nozze mistiche, pure Maria le comunicò il dono dell'infanzia spirituale fino a farle condividere la gioia e l'onore di stringere spesso tra le braccia il Bambino Gesù.
Fin dai primissimi anni la vita di Rosa si orienta decisamente alla sequela ed alla imitazione di Cristo Crocifisso del quale assume volontariamente le sofferenze, in particolare la flagellazione e la coronazione di spine, ad espiazione dei peccati dell'umanità peccatrice, affiancata ed ammaestrata da una Santa precocemente conosciuta e fedelmente imitata: Caterina da Siena, nella quale vede la propria guida ed il proprio modello. Come lei ancora bambina fa voto della propria verginità, vivendo anche gli altri due voti da membro del Terz'Ordine Domenicano.
Ad imitazione di S. Domenico si dedica incessantemente alla contemplazione abitando abitualmente in una celletta attigua alla propria casa, rivive l'ansia apostolica del S. Fondatore in collaborazione di preghiera e di sacrificio con l'attività missionaria dei frati predicatori. La sua presenza non solo spirituale, ma talvolta anche di bilocazione tra le genti che ancora ignorano il vangelo non ha soste. Il suo ardore apostolico la induce a concepire il progetto di allevare alcuni indigeni affinché diventino apostoli in terre lontane, attraverso il ricavato del proprio lavoro, sempre molto intenso, di cucito o di confezione di ghirlande, grazie al quale è stata dichiarata patrona dei giardinieri. Con il provento del medesimo solleva le pene degli indigenti, e contribuisce al mantenimento della propria famiglia.
L'episodio più eclatante della sua vita ce la presenta dimentica della propria riservatezza abbracciata al tabernacolo per difenderlo dai calvinisti olandesi guidati all'assalto della città dalla flotta dello Spitberg, tutti poi attribuirono alla sua intercessione l'inattesa liberazione dovuta alla morte improvvisa dell'ammiraglio.
Si può a ragione vedere nella esistenza di Rosa una risposta di Dio ai bisogni del tempo, alle condizioni di vita nel Nuovo Continente, ed alla esigenza di evangelizzazione del medesimo, offrendo in lei una guida da seguire per il cammino da privilegiare sia per ottenere la conversione di tante genti, sia per sanare lo scandalo di una conquista compiuta da cristiani con mezzi e metodi, che apparivano come la negazione del Vangelo e dell'amore di Dio.
Alla vana boriosità dei conquistatori Rosa contrappone la sua umiltà scegliendo sempre per sé l'ultimo posto, alla loro sete di dominio oppone la sua obbedienza a tutti, così piena e totale da parere eccessiva, alla loro ricerca di piaceri la sua incredibile e continua mortificazione. Possiamo ben credere che la sua sete di umiliazioni e di mortificazione, oltre che dal desiderio d'imitare lo Sposo divino fosse alimentata in lei anche dalla volontà di condivisione del dolore di tanti suoi concittadini, che si sentivano avviliti, emarginati, vilipesi, maltrattati soltanto a motivo della loro diversità di razza e di condizione sociale. Forse anche a questo, oltre che ai numerosi miracoli e conversioni avvenuti presso la sua salma, si deve il fatto che a furor di popolo immediatamente subito dopo la sua morte fu da esso acclamata santa e il suo culto si diffuse rapidamente in tutta l'America latina e nelle Filippine prima ancora che la Chiesa ufficialmente la dichiarasse speciale patrona di quelle terre.
Muore a Lima il 24 agosto 1617. Qui, nella basilica domenicana del S. Rosario, si venera il suo corpo.
Clemente X la dichiara santa il 12 aprile 1671.